OPTIMASI MELTING TEMPERATURE PRIMER DEGENERATE PADA SUHU 60 °C GEN ERM(T) (ERYTHROMYCIN RIBOSOME METHYLASE) YANG RESISTENSI TERHADAP BAKTERI Streptococcus pyogenes

Abstract

Resistensi eritromisin ditandai dengan adanya gen erm(T) yang mengkode terjadinya
resistensi. Gen ini terletak di plasmid bakteri Streptococcus pyogenes. Gen erm(T)
menyebabkan terbentuknya enzim metilase yang akan memodifikasi adenin pada 23S rRNA,
sehingga obat sulit berikatan dengan subunit ribosom 50S bakteri. Pendeteksian resistensi
dapat dilakukan dengan metode PCR yang membutuhkan primer dengan spesifitas tinggi
sebagai bahan utama. Optimasi melting temperature pada desain primer bertujuan untuk
mendapatkan primer dengan spesifitas yang tinggi. Metode yang digunakan yaitu kajian
molekuler secara in silico berbasis bioinformatika menggunakan NCBI untuk mengambil
data nukleotida. Optimasi melting temperature dan perancangan primer dilakukan dengan
menggunakan Prime3Plus. Data sekuensing dianalisis dengan menggunakan OligoAnalyzer
3.1 Primer dirancang berdasarkan data GenBank: NC_019252.1. Satu pasang primer terbaik
didapatkan dari lima kandidat primer hasil optimasi pada suhu optimum 60 °C. Susunan
nukleotida primer forward yaitu 5"Ÿ"“ ACCGCCATTGAAATAGATCC"“"ž3 dan primer reverse
5"™"“CGAGCTATT AACTCTAGGTTTTGG "“ "ž3. Amplikon pasangan primer terbaik yaitu
351bp. Primer forward memiliki panjang basa 20bp, nilai Tm 60,1 °C, % GC sebesar 45 % ,
hairpin dengan nilai ΔG = 0,63 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -4.62 dan primer
reverse dengan panjang 24 bp, Tm 60,9 °C, % GC sebesar 41,7 % , hairpin dengan nilai ΔG
= -1,4 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -6.34 serta cross dimer dengan ΔG = - 5,98
kcal/mol. Pasangan primer terbaik terdapat pada kandidat primer kedua dengan melting
temperature optimum 60 °C.
Kata Kunci : Melting temperature, gen erm(T), Streptococcus pyogenes, desain primer