OPTIMASI SUHU DESAIN PRIMER GEN BLAZ RESISTENSI PADA BAKTERI Staphylococcus aureus SECARA IN SILICO

Abstract

Penisilin merupakan antibiotik yang mengalami resistensi terhadap bakteri Staphylococcus
aureus. Resistensi ini diperantarai oleh gen yang mengkode beta laktamase yaitu gen blaZ.
Pendeteksian resistensi dapat dilakukan dengan metode PCR yang membutuhkan primer
berupa sederet sekuens DNA pendek sebagai pengenal DNA target. Tujuan dari penelitian
ini adalah mendesain primer sebagai bahan utama dalam pendeteksian gen taret, yaitu gen
blaZ untuk mengurangi angka resistensi. Pengujian secara in silico merupakan salah satu
metode yang paling efektif dan efisien dalam merancang suatu primer. Metode yang
digunakan dalam desain primer secara in silico berbasis bioinformatika adalah dengan
menggunakan situs NCBI, Primer3Plus, dan OligoAnalyzer. Hasil perancangan primer gen
blaZ S.aureus diperoleh 10 kandidat primer dari suhu leleh (Tm) optimum 55 °C dan 60 °C.
Primer yang memiliki kriteria primer terbaik untuk deteksi gen blaZ S.aureus adalah
primer 1 yang memiliki urutan basa primer forward ATTTGCCTATGCTTCGACTT dan
urutan basa primer reverse GCTTGACCACTTTTATCAGC. Kriteria rancangan primer
yang dihasilkan yaitu memiliki panjang basa 20 bp, Tm 55,4 °C dan 55 °C, %GC sebesar
40% dan 45%, hairpin dengan nilai ΔG -0,75 dan 1,23 kcal/mol, self dimer dengan nilai
ΔG -3,14 kcal/mol, serta hetero dimer dengan nilai ΔG -4,74 kcal/mol.

Kata kunci : Desain primer, gen blaZ, resistensi, Penisilin, S.aureus, in silico