DESAIN PRIMER SPESIFIK GEN tetB (tetracycline resistance protein) BAKTERI Bacillus subtilis

Abstract

Penyebab resistensi suatu bakteri terhadap antibiotik salah satunya adalah adanya gen
resisten pada bakteri. Tetrasiklin merupakan salah satu antibiotik yang memiliki gen resisten
pada suatu bakteri Salah satu gen resisten pada antibiotik tetrasiklin adalah gen tetB yang
mana terdapat di bakteri Bacillus subtilis. Pendeteksian adanya gen resisten pada instrumen
PCR membutuhkan sebuah primer berupa sekuens DNA rantai pendek sebagai pengenal
DNA target secara spesifik. Desain primer dilakukan secara insilico menggunakan situs
NCBI, Primer3Plus dan OligoAnalyzer. Sekuen nukleotida dari gen tetB Bacillus subtilis
dapat dicari dalam situs NCBI dengan format FASTA yang danalsis lebih lanjut
menggunakan program Primer3Plus dan OligoAnalyzer. Hasil perancangan primer gen tetB
Bacillus subtilis diperoleh 10 kandidat primer dengan menggunakan 2 perbedaan suhu
optimum di program Primer3Plus yakni dari Tm optimum 55 °C dan 60 °C. Primer yang
memiliki kriteria primer terbaik yakni primer 3 pada suhu 60 °C dengan urutan basa primer
forward 5"™- ACCCTTTGCGGAGGACTAAT "“3"™ dengan panjang basa 20, Tm 56,1 °C, %
GC sebesar 50 % , hairpin dengan nilai ΔG = -1,14 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = 3.61,

serta cross dimer dengan nilai ΔG = -4,64 kcal/mol dan urutan basa primer reverse
yaitu 5"™ "“ CAAGGAACCTTTCCGATCAA -3"™ dengan panjang basa 20, Tm 52,7 °C, % GC
sebesar 45 % , hairpin dengan nilai ΔG = -1,41 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -6.61
serta cross dimer dengan nilai ΔG = -3,9 kcal/mol
Kata kunci: Desain primer, gen tetB, Tetrasiklin, Bacillus subtilis